对于登记为集体所有制的社有企业，供销合作社与社有企业的关系，执行《中共中央国务院关于深化供销合作社改革的决定》（中发〔1995〕5号）文件的规定。即，按照社企分开的原则，理顺各级供销合作社理事会于其所属企业的关系。各级供销合作社理事会是本社集体财产（包括所属企事业财产）的所有权代表和管理者，拥有对所属企业主要负责人的聘任和解聘权，企业重大经营、投资活动的审批权，企业经营管理的监督检查权，享有财产收益权，但不干预企业的具体业务活动。各级供销合作社所属企业是独立的企业法人，拥有经营、用工、分配等自主权，实行自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束。

对于登记为有限责任公司或股份有限公司的社有企业，供销合作社与社有企业的关系，执行《公司法》的规定。即，供销合作社是社有企业的出资人（股东），依照《公司法》第四条的规定，供销合作社“依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利”，供销合作社作为股东以出资额（股份）为限对公司承担有限责任。社有企业（公司）是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权，以其全部财产对公司的债务承担责任。